تأسست ادرة المعاهد الأهلية حسب القرار الوزاري رقم 440/2002 الذي يقضي بشأن استحداث ادارة المعاهد الأهلية وتبعيتها للإدارة العامة للتعليم الخاص .وفي عام 2003 تقرر الغاء اختصاص الإدارة العامة للتعليم الخاص بوزارة التربية في الإشراف على مراكز ومعاهد التدريب الأهلية ونقل تبعيتها واختصاصاتها للهيئة العامة للتعليم التطبيقي والتدريب حسب القرار الوزاري رقم (291/2003).